[Todos] nueva materia: Genomica Aplicada

Fri Jul 20 17:57:16 ART 2007

A la Comunidad de la Facultad.

Tengo el agrado de anunciar que se lanza una 
nueva materia de grado en la Facultad, optativa 
del Ciclo Superior de la Licenciatura en Ciencias 
Biologicas, aprobada por Resolucion CD 31/07:
Genomica Aplicada, a cargo de los Prof. Fernando 
Pitossi y Osvaldo Podhacer, del Departamento FBMC.

Transcribo abajo el programa de la materia. La 
informacion de los horarios estara disponible la 
semana que viene en la pagina de inscripciones. 
En breve tambien estara armada la pag web de la materia.

Agradezco la difusion que puedan a hacer a los 
alumnos de la Carrera de Biologia.

Saludos
Norberto

>Norberto Daniel Iusem, Ph. D.
>Director
>Departamento de Fisiología, Biología Molecular y Celular
>Facultad de Ciencias Exactas y Naturales
>Universidad de Buenos Aires
>Pabellón 2, Ciudad Universitaria
>Buenos Aires, ARGENTINA
>Tel.:54-11-4576-3368
>FAX: 54-11-4576-3321
>email: norbius at fbmc.fcen.uba.ar

Programa Analítico Materia Genómica Aplicada

1.                  Genómica Funcional I: bases
El genoma en movimiento: transcripción y 
traducción. Concepto de transcriptoma. Biología 
molecular sistémica. Métodos de estudio: 
Affimetrix vs. microarreglos. Ventajas y 
desventajas. Comparación con display diferencial y librerías sustractivas.

2.                  Genómica Funcional II: aplicaciones
Aplicaciones al estudio de genomas de diversas 
especies. Renotificación. Aplicaciones al estudio 
de patologías: cáncer, enfermedades neurológicas 
y neurodegenerativas, etc. Potencial en diagnóstico de enfermedades.

3.                  Genómica Funcional III: 
estudio de expresión génica en masa por PCR en tiempo real
Nociones básicas de PCR y RT-PCR. Control de la 
eficiencia de reacción. PCR semi-cuantitativa por 
utilización de fragmentos de competición. 
Consideraciones matemáticas de la reacción. PCR 
en tiempo real: definición, características, 
análisis de datos, curva de “meeting”, controles 
de reacción, sondas utilizadas. Aplicaciones.

4.                  Bioinformática
Análisis de datos de microarreglos: filtrado, 
definición de la relación ruido/señal, algoritmos 
utilizados. Análisis poblacional de datos por 
clúster. Análisis no supervisado de datos.

5.                  Farmacogenomia
Concepto de tratamiento personalizado en base a 
la carga genética. Respuesta individual a drogas. 
Aplicaciones terapéuticas. Definición de SNiPs. 
Relevancia clínica de los SNiPS. Bases 
moleculares y diagnóstico de enfermedades 
genéticas monogénicas y complejas. Estrategias 
diagnósticas directas e indirectas.

6.                  Proteómica: bases y aplicaciones
A qué se llama proteómica. Concepto de biología 
de sistemas. Metodologías aplicadas para el 
estudio cuali-cuantitativo de proteomas, 
modificaciones postraduccionales e interacciones 
(e.g. 2DE, DIGE, nanoLC, ICAT, shotgun, protein 
arrays). La proteómica aplicada al estudio de complejos macromoleculares.

7.                  Análisis e identificación de 
proteínas por espectrometría de masas.
Espectrómetros de masas: configuraciones 
aplicadas al estudio de macromoléculas. Métodos 
de ionización: ESI y MALDI. Analizadores: TOF, 
trampa iónica, cuadrupolos. Espectrometría en 
tandem. Métodos de identificación de proteínas: 
huella peptídica, secuenciación de novo. 
Determinación de modificaciones postraduccionales por espectrometría de masas.

8.                  La proteómica en el 
diagnóstico y seguimiento de enfermedades
Utilización de la proteómica en la búsqueda de 
patrones moleculares (molecular signatures) de 
enfermedades. Aspectos particulares de la 
proteómica aplicada a fluídos biológicos (plasma, 
LCR). Aplicaciones para el pronóstico y 
seguimiento de enfermedades y terapias. Arrays de 
proteína: el caso de SELDI-TOF. Validaciones.
El estudio de estructuras de proteínas por medio 
de métodos de alta capacidad de procesamiento 
(high throughput). Métodos automatizables de 
expresión de proteínas, cristalización y resolución de estructuras.
9.                  Metabolómica
Metabolómica: estudio de las pequeñas moléculas 
que participan en procesos catabólicos y 
anabólicos de la célula. La metabolómica aplicada 
al estudio de marcadores de enfermedad y de 
efectos de drogas de acción farmacológicas.

10.              Terapia génica I
Definición. Métodos y vías de transferencia 
génica.  Situación actual del campo de estudio. 
Aspectos históricos, metodológicos y éticos. 
Características de vectores virales y no virales. 
Ventajas y desventajas. Vectores retrovirales 
derivados del virus de leucemia murina y del VIHAplicaciones.

11.              Terapia Génica II
Vectores adenovirales. Nuevos vectores virales. 
Vectores adeno-asociados. . Vectores herpéticos. Aplicaciones.

12.              Transferencia genética por vectores virales y no virales II.
Vectores no virales y Nanotecnología. Utilización 
de complejos lipídicos, dendrímeros, productos 
PEGilados, etc. Inmunonanotecnología.

13.              Vectores virales replicativos y pseudotipificación
Introducción a p53. Vectores oncolíticos. 
Vectores Onyx. Aplicaciones en terapias 
antiutumorales. Regulación de la replicación. 
Regulación de la expresión génica en el tiempo y el órgano o tejido blanco.

14.              Células como vehículos de 
transferência y de regeneración tisular I.
Introducción. Células madre hematopoyéticas y 
neurales como vehículos de transferencia. 
Características y clasificación de subtipos. Neurogénesis.

15.              Células madre como vehículos de 
transferencia y de regeneración tisular II.
Terapias de reemplazo y regenerativas contra 
enfermedades del sistema nervioso, cardíacas, endócrinas, hematopoyéticas.

16.              Células como vehículos de 
transferencia y de regeneración tisular III.
Fibroblastos, fibrocitos y células dérmicas como 
vehículos de transferencia. Supervivencia y 
control de la expresión génica del transplante. 
Estrategias terapéuticas. Ingeniería de tejidos.

17.              Terapia génica del cáncer I.
Conceptos generales de cáncer. Tipos de tumores. 
Genes terapéuticos. Vectores utilizados.

18.              Terapia Génica del cáncer II
Estrategias terapéuticas. Ensayos clínicos en 
curso. La interfase entre el laboratorio y la clínica.

19.              Terapia génica de enfermedades 
cardíacas, metabólicas, autoinmunes y virales.
Vectores utilizados. Ensayos clínicos.

20.              Terapia génica del sistema nervioso.
Enfermedades neurodegenerativas (Parkinson, 
Alzheimer, esclerosis múltiple, esclerosis 
lateral amiotrófica). Genes terapéuticos. 
Vectores utilizados en el sistema nervioso. 
Terapias regenerativas. Ensayos clínicos.

Parte Práctica:
Durante el trabajo práctico se desarrollarán las siguientes técnicas:
1.      Fabricación, utilización y análisis de chips de ADN que incluye:
Preparación de chips de ADN con oligonucleótidos
Marcado de sondas de cDNA representativo de 
diferentes poblaciones con Cy3 y Cy5 por método indirecto
Hibridización de chips de ADN
Análisis de datos y bioinformática: filtrado, 
normalización y análisis de datos individuales y por clustering.
Validación de los datos por PCR en tiempo real

2. RNAi. Diseño y utilización de RNAi in vivo.

2.      Generación y utilización in vitro de 
stocks de virus recombinantes para transferencia génica que incluye:

Infección de células productoras de virus

Generación de stocks virales crudos

Análisis del genoma viral

Métodos de bioseguridad
Transferencia genética a células
Análisis de la expresión génica

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